在上世纪八十年代以后，他又提出无限智心概念，作为万物底存在之超越的所以然（牟宗三，1990年，第14页），这标志着内在超越理论建构的完成： 若越出现象存在以外而肯定一个能创造万物的存有， 此当属于超越的存有论。
这里强调心之灵明的主宰功能，即意志决定的实践主导能力。非能于本体之外而有所增益之也。
黄宗羲在总论阳明之学时说： 先生悯宋儒之后学者，以知识为知，谓人心之所有者不过明觉，而理为天地万物之所公共，故必穷尽天地万物之理，然后吾心之明觉与之浑合而无间。[28] 按阳明此277条语录所说颇不容易理解，一斋之说，亦供参考而已。照心为照，妄心为妄，是犹有妄有照也。明觉的概念在理学中最早是程明道所使用的，即其《定性书》中所说的用智则不能以明觉为自然。[16]陈来：《中国近世思想史研究》，商务印书馆，2003年，第607页。
牟宗三没有重视一体思想的论证，他所说的明觉感应为物，亦未着眼于感应，而更多的是与物为体。[7]但这一具有基础意义的对物的定义，在其晚年有所变化。谓武，尽美矣，未尽善也。
贵本之谓文，亲用之谓理，两者合而成文，以归太一，夫是谓大隆。大飨尚玄尊而用酒，食先黍稷而饭稻梁，祭哜大羹而饱乎庶羞，贵本而亲用。胡厚宣《殷卜辞中的上帝和王帝》，《历史研究》1959年第9、10期。在氏族图腾制的形式中，各氏族皆可与其图腾神物相匹相配。
亲亲之恩表现的是血缘自然情感。殷周人之天帝宗教观，其义本在祈天以邀福。
这样，伦理、道德只能作为习得的内容落在人的自然实存之外而另有来源。下面我们引几条材料来看。其前提是内心情感的真实无伪。终很难做到，所以亦愈应重视。
[11]但古代社会乃以家族制度为基础，社会伦理实根源于此家族关系而又超越之。儒家把丧祭归结到孝，言唯贤者即孝子能尽祭之义，其道理亦在于此。运用配、匹这种类比的方法，儒家既肯定了传统祭仪所保留的原始整体思维方式，亦确证了自己以血缘亲情为核心沟通天人的观念。此点在破裂性的文明中表现得尤为明显。
凡于人生有本和始之意义者，皆在祭祀之列。儒家举父对内恩爱亲亲和对外义敬尊尊兼具之例来说明此点，确乎十分贴切传神而且令人感到寓意深刻。
故外推实即是内求的实现。如此而后可以为民父母矣。
它要从人的自然生命情态和实质内容中给出和建立起其超越性基础。见杜维明《儒家思想新论——创造性转换的自我》（江苏人民出版社，1995年版），第30－46页。顺道，成物，用今语讲，可称做是外推。儒家的丧祭理论，继承并赋予了它以新的内容。尽己心之诚敬真实，才能与物无隔，按照事情、事物本有之理、之宜以成就它。亦可以理解为动词：尊大之。
无天地焉生，无先祖焉出，无君师焉治。前两条材料论天子郊祭以祖配天的意义，后一条则普泛言之，但亦举天子诸侯为例予以说明。
制服之原则分而言之，可以有若干条，然约而归之，实只是一亲亲。诚、信、忠、敬，可以互训，皆言情之真实无伪。
《郊特牲》则讲：万物本乎天，人本乎祖，此所以配上帝也。《易传》言地道无成，不能以分天生物之功，讲的就是这个道理。
近年出土的郭店楚简《语丛三》讲父孝子爱，非有为也，《语丛一》讲为孝，此非孝也。而其对人的存在之文质（情）连续性的理论自觉，却使之转向于内以建立此天道的超越性基础。前文论到父兼恩、爱亲亲与义、敬尊尊为一体，即一很好的例证。其说颇能与上古宗教观念的实际相合。
《郊特牲》言蜡祭八，所祭不仅有农耕的创始者（先啬），甚至包括猫、虎、堤、渠之神：蜡之祭也，主先啬而祭司啬也，祭百种以报啬也。君者，已能食之矣，又善教诲之者也。
情文的连续则表现了文明创制与自然之间的动态的历史性关联。随着这种科学理性在现代的彻底化，传统哲学中一些形上学的内容便显露出了它作为科学理性之不合理的越界或僭越性，现当代西方主流哲学的反形上学和非基础主义的倾向便表明了这一点。
这本和始（或初），指生命存在之根据和始原。彼君子者，固有为民之父母之说焉。
其实，这与如何看待儒学与传统社会礼仪的关系有关。由此，王者之祭的以祖配天，既可说是最大的报本反始，亦可说是祭祀之报本反始意义最高、最为充分的表现。[7]董仲舒《春秋繁露·郊义》说：天者，百神之君也，王者之所最尊也。按丧服的规定，臣为君、诸侯为天子，亦有斩衰之服。
这体现了原始整体思维方式在中国古初文明社会的延续。儒家讲德成而上，艺成而下[20]，以尽善尽美为乐之究极境界[21]，就表明了这一点。
这是一种价值实现论的讲法。殷周时代的宗教观念，就集中地体现了这一点。
当代新儒家认为儒家思想属于内在超越的型态。儒家对这些礼仪及礼俗所指向的神灵世界并不做明确的表态，但对这些礼仪之思想文化内涵，却有系统的诠释。
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